Het jaar is Kosmisch Tijdperk 73. De Bloedige Valentijnsoorlog, uitgevochten tussen de PLANTS ruimtekolonies en de naties van de Atlantische Federatie, is geëindigd en er is een ongemakkelijke wapenstilstand op aarde ontstaan. Met de ondertekening van het Junius Zeven-verdrag hebben de soldaten van de wereld het slagveld en de gruwelijke aanblik van de oorlog achter zich gelaten. Velen die hebben gevochten zoeken nu vrede en toevlucht in de beschutting van het burgerleven. Maar één jongen, Shin Asuka, vindt dat ongelooflijk moeilijk. Als coördinator die zijn hele familie verloor tijdens de Slag om Orb, vecht hij nu met ZAFT in een van hun nieuwste machines, de Impulse Gundam. Natuurlijk ontwikkelt ZAFT deze machines alleen voor defensieve toepassingen - dat beweren ze tenminste - maar wanneer een groep Federatie-agenten enkele van deze prototypemachines steelt, wordt de wereld opnieuw in de richting van oorlog gestort.