Klonkrigene har hærget republikken i tre år, og Jedi-ridderne er tæt på at få fanget lederne af separatiststyrkerne. Mens Obi-Wan sendes på mission for at fange den farlige General Grievous, plages Anakin af drømme om den gravide Padmes død. Fortvivlet søger han hjælp hos Kansler Palpatines, hvis magt over det galaktiske senat øges. Palpatine afslører sin sande dagsorden og Anakin må vælge hvilken side han vil stille sig på.